Фонд «Сколково» будет отчитываться за свое использование государственных средств по каждой программе. Подобные нормы прописаны в проекте постановления правительства, разработанного Минфином.
По новым правилам фонд обязан направлять заявку на получение финансирования раз в квартал. Средства будут выделяться только на конкретные проекты, а контроль над расходами будут осуществлять Минфин и Росфиннадзор.
Сам фонд будет обязан отчитываться о достижении заявленных целей и делать прогноз своих квартальных трат. Сэкономленные средства могут быть потрачены организацией в следующем году. В случае нарушений фонд должен будет вернуть в казну выделенное ранее финансирование. «Сколково» сможет попросить о дополнительных вливаниях из бюджета после трат 60 процентов уже полученных средств.
В настоящее время фонд получает государственные субсидии, но их дальнейшее использование находится полностью в ведении руководства организации.
Как отметила в номере от 21 октября газета «Ведомости» со ссылкой на замминистра экономического развития Олега Фомичева, новые правила финансирования «Сколково» стали реакцией на расследования Счетной палаты и Следственного комитета (СКР) в связи с растратами в фонде.
В апреле 2013 года СК возбудил уголовные дела в отношении гендиректора таможенно-финансовой компании «Сколково» Владимира Хохлова и главы финансового департамента фонда Кирилла Луговцева. Фомичев полагает, что ужесточение правил отчетности поможет сделать работу фонда более прозрачной. Весной 2013 года также стало известно о претензиях руководства «Сколково» к депутату Госдумы Илье Пономареву, который читал в фонде курс лекций. Стоимость контракта с Пономаревым сочли завышенной, а в августе суд обязал депутата вернуть фонду 2,7 миллиона рублей.
«Сколково» действует как частно-государственное партнерство. Фонд должен получить из бюджета до 2020 года свыше 135 миллиардов рублей. Свыше 90 миллиардов пойдут на развитие инфраструктуры. Бизнес выделит на развитие «Сколково» 367 миллиардов рублей. Глава фонда Виктор Вексельберг полагает, что организация может отказаться от бюджетного финансирования после 2025 года.